वाय-प्रकारातील आण्विक चाळणीची डायमंड प्रमाणेच जवळपास पॅक षटकोनी रचना असते. जर बीटा पिंजरा डायमंडच्या कार्बन अणू नोड्सची जागा घेण्यासाठी स्ट्रक्चरल युनिट म्हणून वापरला गेला असेल आणि दोन जवळील बीटा पिंजरे हेक्सागोनल स्तंभ पिंजरेशी जोडलेले आहेत, म्हणजेच पाच बीटा पिंजरे चार हेक्सागोनल स्तंभ पिंजरे एकत्र जोडलेले आहेत, त्यापैकी एक बीटा पिंजरा ऑक्टोबरमध्ये आहे आणि उर्वरित चार पिंजरा आहेत. झिओलाइट क्रिस्टल स्ट्रक्चर तयार होते. या संरचनेशी दुवा साधून, वाय-प्रकार आण्विक चाळणीची रचना प्राप्त केली जाते. या संरचनेत, β पिंजरा आणि षटकोनी स्तंभ पिंजराद्वारे बनविलेले मोठे पिंजरा एक आठ बाजूंनी झिओलाइट पिंजरा आहे आणि त्यांचे इंटरलिंक्ड विंडो छिद्र बारा बायनरी रिंग्ज आहेत, ज्यांचे सरासरी प्रभावी छिद्र आकार 0.74nm आहे, जे वाय-प्रकार रेणू चाळचे छिद्र आकार आहे. एक्स प्रकार आण्विक चाळणी आणि वाई प्रकार आण्विक चाळणीची रचना अगदी समान आहे, परंतु वाय प्रकार आण्विक चाळणी सिलिका अ‍ॅल्युमिनियम प्रमाण जास्त आहे, हायड्रोथर्मल स्थिरता मजबूत आहे, म्हणून ती अधिक प्रमाणात वापरली जाते.
